| 식품의약품안전청장 | 초대 | 박종세(朴鍾世) | 1998년 3월 9일~1999년 1월 28일 | 김대중 정부 | 약품 안전성 검사에서 뇌물을 받은 혐의로 사임 |
| 식품의약품안전청장 | 2대 | 허근(許瑾) | 1999년 1월 29일~2000년 8월 10일 | 김대중 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 3대 | 양규환(梁奎煥) | 2000년 8월 11일~2002년 3월 19일 | 김대중 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 4대 | 이영순(李榮純) | 2002년 3월 20일~2003년 3월 2일 | 김대중 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 5대 | 심창구(沈昌求) | 2003년 3월 3일~2004년 9월 3일 | 노무현 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 6대 | 김정숙(金貞淑) | 2004년 9월 4일~2006년 1월 31일 | 노무현 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 7대 | 문창진(文昌珍) | 2006년 2월 1일~2007년 6월 20일 | 노무현 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 8대 | 김명현(金明炫) | 2007년 6월 21일~2008년 3월 7일 | 노무현 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 9대 | 윤여표(尹汝杓) | 2008년 3월 8일~2010년 4월 1일 | 이명박 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 10대 | 노연홍(盧然弘) | 2010년 4월 2일~2011년 12월 11일 | 이명박 정부 | |
| 식품의약품안전청장 | 11대 | 이희성(李熙成) | 2011년 12월 30일~2013년 3월 14일 | 이명박 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 초대 | 정승(鄭勝) | 2013년 3월 14일~2015년 3월 22일 | 박근혜 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 2대 | 김승희(金承禧) | 2015년 4월 7일~2016년 3월 27일 | 박근혜 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 3대 | 손문기(孫文基) | 2016년 3월 28일~2017년 7월 12일 | 박근혜 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 4대 | 류영진(柳永珍) | 2017년 7월 13일~2019년 3월 7일 | 문재인 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 5대 | 이의경(李儀卿) | 2019년 3월 8일~2020년 11월 1일 | 문재인 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 6대 | 김강립(金剛立) | 2020년 11월 2일~2022년 5월 27일 | 문재인 정부 | |
| 식품의약품안전처장 | 7대 | 오유경(吳裕耕) | 2022년 5월 27일~ | 윤석열 정부 | |
